Kompetensi lulusan didasarkan pada 3 (tiga) hal, yaitu :

Knowledge

Setiap lulusan Prodi PAI diharapkan menguasai kematangan dalam aspek keilmuan Pendidikan Agama Islam yang baik dan benar, sehingga nantinya memiliki bekal yang cukup untuk dapat berkontribusi nyata di dalam masyarakat, terutama pada bidang pendidikan, baik formal, non formal, maupun informal.

Skills

Setiap lulusan Prodi PAI diharapakan memiliki keunggulan terkait penguasaan kemampuan dalam bidang pengajaran, yakni kemampuan untuk menjelaskan atau menyampaikan materi Pendidikan Agama Islam dengan menggunakan cara atau metode mengajar yang efektif dan efisien. Selain itu, setiap lulusan Prodi PAI diharapkan juga memiliki pengembangan keterampilan di bidang sosio-technopreneurship yang nantinya dapat digunakan sebagai life skill untuk dapat survive maupun menciptakan peluang perkerjaan di dalam masyarakat. Adapun salah satu upaya Prodi PAI terkait penguasaan skill–skill tersebut adalah melalui program PPL yang bekerjasama dengan berbagai sekolah di lingkungan sekitar Yogyakarta dan Wates, serta pengembangan kemandirian melalui berbagai macam kegiatan mahasiswa yang terselenggara di lingkup universitas.

Attitude

Setiap lulusan Prodi PAI sebagai calon Pendidik Agama Islam harus dapat merepresentasikan profil pendidik Agama Islam yang sesuai dengan ajaran Islam. Penanaman nilai dan sikap tersebut diupayakan melalui pembiasaan perilaku-perilaku dan adab seorang pribadi muslim di lingkungan sivitas akademika Pendidikan Agama Islam. Setiap unsur penyelenggara pendidikan juga dituntut untuk ikut meningkatkan kepekaan dan saling mengingatkan kebaikan di dalam praktik pelaksanaan adab Islami, sehingga nantinya akan tercermin pada perkataan, perilaku, serta penampilan individu di lingkup universitas.